dir = getDirectory("Select a Directory"); //画像（ここでは3-channel multi-tifを想定）が入ったフォルダを選択 filelist = getFileList(dir) for (i = 0; i < lengthOf(filelist); i++) { if (endsWith(filelist[i], ".tif")) { open(dir + File.separat…
今までNGSのデータを扱う機会がなかったのだけど、少しくらい知っていた方がいいかと思って、以前から評判の良かった次世代シーケンサーDRY解析教本に沿って自習を始めた......のだけど、さすがに執筆されたのが3年前ということもあって書いてある通りにやっ…
元々、ImageJはQuickTime形式をサポートしていたので、タイムラプス観察などの画像スタックをプレゼン用の動画にするためにmovファイルに変換したりしていた。ところが、64bit化を期にQuickTime形式がサポートされなくなったため、昔作ったmovファイルを変更…
忙しいんですけど、現実逃避のためのエントリ。さて、みんな大好きImageJですが、実は数年前からImageJ2というものが開発されています。2014年にRC版が公開されました。ImageJ2はSciJavaと呼ばれるフレームワークをベースにして完全に新しく作り直されたもの…
普段、ImageJで使用しているtime-lapse imageなどのmulti-tiff画像をMatlab上で一括処理したいのだけど、Matlabではmulti-tiffをコマンド一発で開くことができない？みたい。ググッたらループを回して一枚ずつ読み込むようなスクリプトが紹介されていたりす…
（16/06/24 追記）最新のFijiとJava8でアニメーションの遅延は解消されているのを確認。（追記ここまで） 動作環境：iMac (late2011), Core i7 2.8GHz, memory 16GB, yosemite2015-06-15 - Major updates in the works - ImageJ 2015-06-17 - Better behavio…
＊2017/06/05 追記＊突然、Matlab上でMijiが起動しなくなった。 調べてみたところ、Fiji.app/jars内にあるはずのmijのjarファイルがアップデートの過程で消えてしまった模様。 復旧するには、Update...でImageJ Updaterを開き、Manage update sitesでBIG-EPF…
ブコメでいろいろ残しちゃったから実際に自分が観た感想を書いとく。前提条件として、寄生獣の原作は連載してた頃に全巻買って何回か読んでる。あと最近、Kindleで発売されたときに通して読みなおした。 映画は別に期待してたわけではなく、休日の午前中に市…
Olympus FV1000で取得したoibファイルなどをFiji/ImageJのBio-Formatsプラグインを使って一括でtiffファイルに変換するJython script Jython scriptでのBio-Formatsの使い方は以下のページを参照Jython example script for working with the Bio-Formats API…
Mavericksへのアップデートに併せてmacportsを再インストール。まず既存のmacportsをアンインストール。sudo port -f uninstall installedしてからrm -rf /opt/local 次にxcodeのコマンドラインツールをインストール（xcode自体はインストール済み）。xcode-…
pythonのElementTree moduleを使用する。 詳細は後日書く。
最初、サンプル画像でもTarget detectionができなかったんだけどバージョンをv2.1.0からv2.1.1に上げたらできるようになった。update fijiではバージョン上げられなかったので、fijiごと新たにダウンロードしてきて入れ替えた。
KUINS-III内部でmacportsを使う方法。svnを使う方法は良く紹介されてるけどもっと簡単にできた。selfupdateは、sudo RSYNC_PROXY=(プロキシサーバーのアドレス):(ポート番号) port -d selfupdateで通る。サーバーのアドレスはpから始まるあれ。installまたは…
(14/10/17 追記）ImageJ/Fijiのバージョンアップに伴ってこれまで自動的にインポートされていたclassがインポートされなくなった。もしうまく動かない場合は、scriptの最初に from ij import IJ from ij.measure import ResultsTable と記述すると動くはず。…
Python Scriptingで roi = IJ.getImage().getRoi()x0 = roi.getBoundingRect().getX()y0 = roi.getBoundingRect().getY()x = roi.getXCoordinates()y = roi.getYCoordinates()length = roi.getNCoordinates()for i in range(length): print x0 + x[i], y0 + …
Macでopencvを使えるようにするまでのいろいろを備忘録代わりに。 正しいかどうかはあんまり自信ないので。 環境： MacOS 10.7 (Lion) Macports (2.1.2) python (2.7.3), Numpy (1.6.2) < Macportsでinstall Macportsでopencvをinstall。pythonからopencvを…
