2014-01-01から1年間の記事一覧

映画 寄生獣の感想書いとく

ブコメでいろいろ残しちゃったから実際に自分が観た感想を書いとく。前提条件として、寄生獣の原作は連載してた頃に全巻買って何回か読んでる。あと最近、Kindleで発売されたときに通して読みなおした。 映画は別に期待してたわけではなく、休日の午前中に市…

Fiji/ImageJのJython scriptでBio-formatsプラグインを使う

Olympus FV1000で取得したoibファイルなどをFiji/ImageJのBio-Formatsプラグインを使って一括でtiffファイルに変換するJython script Jython scriptでのBio-Formatsの使い方は以下のページを参照Jython example script for working with the Bio-Formats API…

macportsの再インストールからIPython notebookを使えるようにするまで(覚え書き)

Mavericksへのアップデートに併せてmacportsを再インストール。まず既存のmacportsをアンインストール。sudo port -f uninstall installedしてからrm -rf /opt/local 次にxcodeのコマンドラインツールをインストール(xcode自体はインストール済み)。xcode-…

TrackMateが吐き出したxmlファイルをparseする

pythonのElementTree moduleを使用する。 詳細は後日書く。

FijiのTrackMateプラグイン

最初、サンプル画像でもTarget detectionができなかったんだけどバージョンをv2.1.0からv2.1.1に上げたらできるようになった。update fijiではバージョン上げられなかったので、fijiごと新たにダウンロードしてきて入れ替えた。